Organami Ogólnopolskiego Porozumienia Związków Zawodowych są Kongres, Rada, Prezydium oraz Komisja Rewizyjna. Kadencja organów OPZZ trwa cztery lata. Najwyższym organem stanowiącym OPZZ jest Kongres. Do jego kompetencji należy m.in. określanie programu OPZZ, wybór przewodniczącego OPZZ oraz Komisji Rewizyjnej. Kongres odpowiedzialny jest również za przyjmowanie sprawozdań z działalności Rady i Komisji Rewizyjnej za okres kadencji oraz udzielanie absolutorium Prezydium.

Rada jest naczelnym organem stanowiącym OPZZ. Do jej kompetencji należy m.in. określanie głównych kierunków działania OPZZ w okresie kadencji, podejmowanie uchwał w sprawach przystąpienia OPZZ do krajowych lub międzynarodowych zrzeszeń związkowych albo innych organizacji oraz wystąpienia OPZZ z tych zrzeszeń albo organizacji, dokonywanie wykładni Statutu , uchwalanie regulaminu pracy Rady. 

Prezydium to organ stanowiący oraz wykonawczy OPZZ. Zgodnie z art. 15 Statutu OPZZ do jego kompetencji należy podejmowanie uchwał i decyzji we wszystkich sprawach nie zastrzeżonych Statutem do kompetencji innego organu OPZZ. Prezydium zajmuje się m.in. przyjmowaniem stanowisk w sprawach związanych z celem i zadaniami OPZZ, podejmowaniem decyzji w sprawach sporów zbiorowych, strajków i innych form protestu, jak również współpracą z Komisją Rewizyjną oraz rozpatrywanie jej wniosków, uwag i zaleceń.

Komisja Rewizyjna to organ kontrolny OPZZ. Jest ona instancją nadrzędną dla wojewódzkich komisji rewizyjnych, podległym wyłącznie Kongresowi. Do kompetencji Komisji Rewizyjnej należy m.in. kontrola merytoryczna, finansowa, gospodarcza i majątkowa działalności OPZZ, jego organów, struktur branżowych, komisji i zespołów, agend, biur, placówek naukowo-szkoleniowych i badawczych oraz innych jednostek organizacyjnych OPZZ, dokonywanie oceny działalności Rady, Prezydium, przewodniczącego OPZZ, wiceprzewodniczących OPZZ oraz przedstawianie wniosków i uwag z tej oceny do rozpatrzenia właściwemu organowi. Komisja Rewizyjna zajmuje się również kontrolą przestrzegania postanowień Statutu oraz realizacji uchwał i decyzji organów OPZZ.

W skład kierownictwa OPZZ wchodzą przewodniczący oraz wiceprzewodniczący OPZZ. Aktualnie funkcję przewodniczącego OPZZ sprawuje Andrzej Radzikowski. W strukturach OPZZ pełni funkcje od 1994 roku. Między innymi jako członek Rady OPZZ, a w kadencji 2002-2006 członek Prezydium OPZZ. VIII Kongres OPZZ to już szósty, w którym brał udział. Przewodniczący OPZZ Andrzej Radzikowskim odpowiedzialny jest za bezpośrednią współpracę z Branżami OPZZ „Oświata i Nauka”. Funkcję wiceprzewodniczących OPZZ pełnią:

• Barbara Popielarz - odpowiedzialna za bezpośrednią współpracę z Branżami OPZZ „Górnictwo i Energetyka” oraz „Budownictwo”,
• Piotr Ostrowski - odpowiedzialny za bezpośrednią współpracę z Branżami OPZZ „Przemysł” oraz „Transport”,
• Sebastian Koćwin - odpowiedzialny za bezpośrednią współpracę z Branżami OPZZ „Usługi Publiczne" i "Handel, Usługi, Kultura i Sztuka".